Felizmente é muito fácil evitar este transtorno. Basta abrir Windows -> Preferences e pesquisar por compare ou patch no campo de busca. (item 1 da figur abaixo).
Selecione Compare/Path e marque o check Ignore white space (item 2 fig acima).
Prontinho... faça suas comparações e ele irá ignorar novas linhas e espaços em branco.
Até a próxima.
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